Gurobi のAPI (Java, Python, C++, .NET, R, MATLAB)はC言語のAPIの上に構築された薄いレイヤーです。これらのAPIはデータを集め、C言語で記述されたコア・ライブラリに渡します。ソルバーや解法のパフォーマンスという観点からは、例えばPythonとJavaの間に違いはありません。
しかし、モデル構築は選択されたAPIの言語上で行われるため、その言語自体の速度、ユーザーの言語に対する習熟度、使用されるデータ構造といったあらゆる要素が、数理モデルの構築にかかる時間・メモリ使用量に影響します。